Рельеф природного комплекса сформировался в результате деятельности последнего (Валдайского) оледенения, от которого эта территория освободилась 10-15 тысяч лет назад. Типичные формы рельефа в этой местности представлены сложной системой озов и кам, чередующихся с глубокими впадинами (в них находятся озера). Камы имеют вид крутосклонных лесистых холмов или сопок, озы походят на высокие железнодорожные насыпи (гряды), вытянутые на несколько километров. Высота холмов над уровнем озер достигает 30-50 м.

Территория богата разнообразными по составу экосистемами: лесные массивы (преобладают сосновые боры), болота, пруды, реки, озера.

Во флоре природного комплекса более 500 видов высших растений. Среди них около 30 редких охраняемых видов (меч-трава обыкновенная, росянки, дремлик темно–красный, козелец голый, ветреница лесная, водосбор обыкновенный, венерин башмачок, тюльпан лесной, прострел раскрытый, арника горная, прострел луговой, кувшинка белая, кубышка малая и др.). В 2005 году природному комплексу «Голубые озера» присвоен статус ключевой ботанической территории.

Ключевые ботанические территории – природные или полуприродные территории, характеризующиеся исключительным ботаническим богатством, поддерживающие особо ценные комплексы редких, исчезающих или/и эндемичных видов растений, а также растительность, имеющую большую ботаническую ценность. Природный комплекс «Голубые озёра» - одна из 10 ключевых ботанических территорий Республики Беларусь, включенных в состав наиболее ценных ботанических объектов Европы.

Фауна насчитывает более 200 видов позвоночных животных. Из млекопитающих встречаются кабаны, лоси, лисы, волки, олени, зайцы и грызуны. 1 вид – барсук и 8 видов птиц занесены в Красную книгу Республики Беларусь.

Особый интерес и ценность представляют озера Болдукской группы - свыше десяти водоемов, своеобразие и красота которых необыкновенны.

Самое крупное из Болдукской группы, давшее название всей группе – озеро Болдук – при относительно небольшой площади (73 га) отличается значительными глубинами, достигающими более 46 м. Вода в озере меняется через 30 лет: такая слабая водообменность делает озеро весьма чувствительным к хозяйственной деятельности в пределах водосбора. У южной оконечности озеро соединяется протоками с рекой Страчей, а с противоположного берега – с озером Болдучица.

Глубля – второе по величине среди озер этой группы. Название "Голубые озера" связано с необычным зелено-голубым цветом воды в озере Глубля. Этот оттенок дают светлые карбонатные отложения, выстилающие ложе. Вода в озере чистая – зимой прозрачность превышает 5 м, летом колеблется около 4,5 м.

Озеро Глубля плоской мелководной протокой соединяется с маленьким озером Глубелька. В плане Глубелька имеет сердцевидную форму: слегка сужается к югу и расширяется двумя плавными заливами к северу. В центре его находится длинный островок с несколькими наклоненными в разные стороны соснами. Какой-то романтически настроенный турист обнаружил в этом сходство с "сердцем, пронзенным стрелой" и это определение устойчиво закрепилось.

Мертвое озеро открыто со всех сторон, водные растения в его мелководной зоне не распространяются. Не привлекает оно рыбаков, так как рыбы здесь почти нет. Отсюда и название озера. Берега заболочены, здесь встречается интересное растение росянка.

Озеро Большой Болтик расположено в северо-восточной части природного комплекса "Голубые озёра". Соединено с протокой с озером Малый Болтик. Окружение озёр Большой и Малый Болтик – зона повышеной влажности и выхода подземных вод, здесь расположено много криниц и ручьёв, вдоль которых встречаются влаголюбивые растения, редкие для Беларуси. Криницы полностью сохранились в натуральном состоянии. Самая крупная из них Болтикский родник – второй по величине в Беларуси.

Входящее в эту же группу, небольшие озера, спрятанные среди лесов и болот озера Имшарец, Ильгиния, Карасник, Окунек и Глухое находятся в заповедной зоне.

Окаймляет и "пересекает" территорию "Голубых озер" стремительная река Страча с порогами и перекатами на отдельных участках.

Самое главное, что со всей этой красотой и богатством можно познакомиться вживую, пройдя по экологической тропе «Голубые озера». Сотрудниками туристического и научного отделов Национального парка организовываются научно-познавательные экскурсии.